Sổ sách và hóa đơn tồn đọng: dọn đến đâu thì đủ để đóng công ty

Anh chị đã quyết đóng công ty, giờ đang cầm hai ba báo giá lệch nhau vài lần và không hiểu vì sao. Một nơi nói làm lại toàn bộ sổ sách năm năm. Một nơi nói chỉ cần bù tờ khai. Cả hai đang nói về cùng một công ty.

Lệch nhau vì mỗi nơi tự vẽ một phạm vi công việc khác, và phần lớn báo giá trước khi biết công ty thiếu bao nhiêu kỳ. Bài này chỉ ra phạm vi bắt buộc theo quy định, phần nằm ngoài phạm vi đó, và cách kiểm tra một báo giá có thật hay không.

Phần nào phải dọn, phần nào có thể để nguyên

Căn cứ để chia ranh giới nằm ở Điều 14 khoản 1 Thông tư 90/2026/TT-BTC. Trước khi chấm dứt hiệu lực mã số thuế, người nộp thuế phải hoàn thành nghĩa vụ về hóa đơn, hoàn thành nghĩa vụ nộp hồ sơ khai thuế, nộp thuế và xử lý số tiền thuế nộp thừa. Mọi việc dọn xoay quanh bốn thứ trong câu đó.

Ranh giới này là ranh giới nghiệp vụ, không phải câu chữ trong luật. Luật chỉ nói phải hoàn thành nghĩa vụ thuế; phần nào đủ để cơ quan thuế xác nhận là chuyện của từng hồ sơ.

Cột bên phải không có nghĩa là “được phép bỏ luôn”. Tài liệu kế toán vẫn phải lưu theo Điều 41 khoản 5 Luật Kế toán 2015: ít nhất 05 năm với tài liệu quản lý điều hành và ít nhất 10 năm với chứng từ dùng trực tiếp để ghi sổ, sổ kế toán và báo cáo tài chính năm. Thời hạn đó không chấm dứt khi công ty giải thể.

Ba mức hồ sơ và chi phí chênh nhau vì sao?

Chi phí dọn không phụ thuộc vào số năm công ty tồn tại, mà phụ thuộc vào việc chứng từ còn hay mất. Cùng một công ty ngừng bốn năm, hồ sơ còn đủ và hồ sơ mất hẳn là hai khối lượng công việc khác nhau.

Chênh lệch tiền giữa mức 1 và mức 3 không nằm ở phí dịch vụ, mà nằm ở số thuế phải nộp. Ở mức 3, khoản chi không có hóa đơn hợp pháp thì không được trừ, theo Điều 9 khoản 2 điểm a Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15. Khoản chi từ 05 triệu đồng trở lên mà không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt cũng không được trừ, theo Điều 9 khoản 1 điểm c Nghị định 320/2025/NĐ-CP. Doanh thu vẫn tính đủ, chi phí bị loại bớt, phần chênh thành thu nhập chịu thuế.

Thuế suất phổ thông là 20%, mức 15% cho doanh thu dưới 3 tỷ đồng và 17% cho doanh thu từ 3 đến 50 tỷ đồng theo Luật 67/2025. Mỗi đồng chi phí bị loại làm tăng thu nhập chịu thuế đúng một đồng, rồi nhân với thuế suất áp dụng, rồi cộng tiền chậm nộp 0,03% mỗi ngày kể từ hạn nộp của kỳ đó.

Muốn biết công ty mình ở mức nào thì gửi mã số thuế qua trang liên hệ. Pháp Tín tra số kỳ còn thiếu trên hệ thống thuế trước, rồi mới nói phạm vi phải dọn và dải chi phí tương ứng. Bước tra này không tính phí.

Hóa đơn đã lập có sai sót thì xử lý thế nào?

Đây là phần thay đổi nhiều nhất trong một năm qua, và cũng là phần dễ làm sai theo hướng dẫn cũ. Nghị định 254/2026/NĐ-CP đã thay Nghị định 123/2020 từ 01/7/2026. Hóa đơn lập trước mốc đó xử lý theo quy định cũ; hóa đơn lập từ mốc đó trở đi theo quy định mới. Theo Điều 8 Nghị định 254/2026 và Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC, cách xử lý chia theo loại sai sót.

Sai tên hoặc địa chỉ người mua nhưng đúng mã số thuế và đúng các nội dung khác thì không phải lập lại hóa đơn. Người bán thông báo cho người mua và gửi Mẫu 04/SS-HĐĐT cho cơ quan thuế. Đây là trường hợp nhẹ nhất và cũng phổ biến nhất.

Sai mã số thuế, sai tên hàng, sai số tiền, sai thuế suất hoặc tiền thuế thì người bán chọn một trong hai cách: lập hóa đơn điều chỉnh, hoặc lập hóa đơn thay thế. Cả hai đều cần văn bản thỏa thuận với người mua, và hóa đơn mới phải ghi rõ “Điều chỉnh cho…” hoặc “Thay thế cho…”. Hóa đơn từ máy tính tiền có sai sót thì bắt buộc lập hóa đơn thay thế. Hóa đơn đã gửi trong bảng tổng hợp dữ liệu thì điều chỉnh trên bảng tổng hợp kỳ sau, không gửi Mẫu 04/SS-HĐĐT.

Từ 01/7/2026 không còn hình thức hủy hóa đơn khi có sai sót, chỉ còn hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế. Quy định này nằm ở Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC chứ không nằm trong Nghị định 254/2026, vì Luật Quản lý thuế 108/2025 giao việc hướng dẫn xử lý hóa đơn đã lập có sai sót cho Bộ trưởng Bộ Tài chính. Mẫu 04/SS-HĐĐT vẫn còn, dùng cho sai sót không ảnh hưởng nghĩa vụ thuế như sai tên hoặc địa chỉ người mua.

Với hồ sơ giải thể, phần hóa đơn hay bị bỏ sót hơn phần tờ khai, vì hóa đơn sai sót không tự hiện ra trên tờ khai. Nó chỉ hiện ra khi đối chiếu dữ liệu hóa đơn điện tử với doanh thu đã kê khai, và bước đối chiếu đó nằm trong phạm vi bắt buộc.

Tiền phạt và tiền chậm nộp phải tính vào chi phí dọn

Nhiều báo giá chỉ tính phí dịch vụ và số thuế gốc, rồi tới lúc làm mới phát sinh thêm tiền phạt và tiền chậm nộp. Hai khoản này tính được từ đầu, nếu biết số kỳ còn thiếu.

Điều 13 Nghị định 125/2020/NĐ-CP quy định mức phạt chậm nộp hồ sơ khai thuế. Các mức dưới đây là mức áp dụng đối với tổ chức; với cá nhân và hộ kinh doanh, mức phạt bằng một nửa theo Điều 7 khoản 4, khoản 5 của cùng nghị định.

Mỗi kỳ tờ khai chưa nộp là một hành vi riêng. Doanh nghiệp ngừng hoạt động hai năm mà khai thuế theo quý có thể có tám kỳ tờ khai giá trị gia tăng chưa nộp, cộng thêm hai kỳ quyết toán năm.

Khoản thứ hai chạy theo ngày. Điều 16 khoản 2 điểm a Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 quy định mức tính tiền chậm nộp bằng 0,03% mỗi ngày trên số tiền thuế chậm nộp. Một khoản nợ 100 triệu đồng để hai năm phát sinh thêm khoảng 21,9 triệu đồng.

Về thời hiệu, Điều 8 Nghị định 125/2020 quy định thời hiệu xử phạt vi phạm thủ tục thuế là 02 năm kể từ ngày thực hiện hành vi, 05 năm với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc trốn thuế chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự. Thời hiệu xử phạt về hóa đơn cũng là 02 năm.

Nhưng hết thời hiệu phạt không phải hết nợ. Điều 8 khoản 6 điểm a Nghị định 125/2020 quy định quá thời hiệu xử phạt thì người nộp thuế không bị xử phạt nhưng vẫn phải nộp đủ tiền thuế truy thu và tiền chậm nộp trong thời hạn mười năm trở về trước, kể từ ngày phát hiện hành vi vi phạm.

Vì sao báo giá các nơi chênh nhau?

Có ba nguyên nhân, và cả ba nằm ở phía đơn vị báo giá chứ không nằm ở phía quy định.

Thứ nhất, mỗi nơi tính số kỳ phải dọn khác nhau: theo số năm công ty tồn tại, theo số năm ngừng hoạt động, hoặc theo số kỳ thực tế còn thiếu trên hệ thống thuế. Chỉ cách thứ ba là cách đúng, vì có công ty ngừng ba năm nhưng kế toán cũ vẫn nộp tờ khai trắng đủ.

Thứ hai, nhiều nơi báo giá trước khi rà. Khi đó con số chỉ là bình quân của các hồ sơ đã từng làm, và phần chênh sẽ xuất hiện giữa đường dưới một tên gọi khác.

Thứ ba, có nơi báo phạm vi rộng hơn phần bắt buộc, gồm cả sổ sách quản trị mà cơ quan thuế không cần để xác nhận hoàn thành nghĩa vụ.

Cách kiểm tra một báo giá có thật hay không rất đơn giản: hỏi họ đã biết công ty thiếu bao nhiêu kỳ tờ khai chưa. Chưa biết mà đã có con số thì đó là con số dự phòng. Câu thứ hai nên hỏi là báo giá đã tính tiền phạt và tiền chậm nộp chưa, hay hai khoản đó nộp riêng.

Khi nào KHÔNG nên dọn hết sổ sách?

Khi đã chắc chắn đóng công ty và không có ý định hoạt động lại, dọn quá phạm vi bắt buộc là tiêu tiền vô ích.

Sổ sách dựng lại đầy đủ có giá trị cho ba việc: hoạt động tiếp, vay vốn, bán lại công ty. Cả ba việc đều không còn thì phần vượt quá yêu cầu của cơ quan thuế không phục vụ ai. Ba việc sau thường không cần làm khi mục tiêu là đóng: chuẩn hóa hệ thống tài khoản cho các năm đã quyết toán; dựng lại sổ chi tiết công nợ khi tổng số đã khớp tờ khai; làm lại báo cáo quản trị nội bộ các năm cũ.

Ngược lại, có một trường hợp nên dọn rộng hơn phần bắt buộc: khi doanh nghiệp chưa chắc sẽ đóng, hoặc còn khả năng bán lại pháp nhân. Quyết định này nên chốt trước khi bắt đầu, vì làm lại lần hai tốn hơn làm rộng ngay từ đầu.

Còn một mốc cần biết trước khi ra quyết định giải thể. Điều 211 Luật Doanh nghiệp 2020 cấm doanh nghiệp và người quản lý làm bảy việc kể từ khi có quyết định giải thể, trong đó có ký hợp đồng mới, cầm cố hoặc thế chấp tài sản và huy động vốn. Nếu còn cần xoay tiền để nộp phần thuế phải dọn, thứ tự đúng là dọn thuế trước, ra quyết định giải thể sau.

Câu hỏi thường gặp

Gửi mã số thuế để biết phải dọn tới đâu?

Phạm vi phải dọn của công ty anh chị không đoán được từ ngoài. Nó hiện ra sau khi tra số kỳ tờ khai còn thiếu, số thuế còn nợ và dữ liệu hóa đơn đã phát hành trên hệ thống của cơ quan thuế.

Anh chị gửi mã số thuế qua trang liên hệ. Pháp Tín tra trạng thái, xác định công ty thuộc mức 1, mức 2 hay mức 3, rồi báo lại phạm vi phải dọn kèm dải chi phí, với phần tiền thuế và tiền chậm nộp tính riêng. Báo giá đưa ra sau khi rà, không đưa ra trước.