Nhận quyết định kiểm tra thuế: những ngày đầu nên làm gì?

Anh chị vừa nhận một tờ quyết định và điều khó chịu nhất lúc này là không biết mình có bao nhiêu thời gian, ai được hỏi cái gì, và mình được phép nói không ở chỗ nào. Phần lớn bài viết trên mạng trả lời ba câu đó theo luật đã hết hiệu lực, nên đọc xong lại càng lệch.

Bài này viết theo Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 có hiệu lực từ 01/7/2026 và Luật Thanh tra số 84/2025/QH15 có hiệu lực từ 01/7/2025. Hai văn bản này thay đổi cả tên gọi lẫn số ngày.

Kiểm tra thuế bây giờ khác trước thế nào?

Có hai thay đổi lớn, và cả hai đều theo hướng dễ thở hơn cho doanh nghiệp so với những gì anh chị đọc được trên mạng.

Thay đổi thứ nhất là về tên gọi và thẩm quyền. Luật Thanh tra số 84/2025/QH15, có hiệu lực từ 01/7/2025, bỏ Thanh tra Bộ, Thanh tra Tổng cục và Cục, cùng thanh tra chuyên ngành. Hệ thống chỉ còn Thanh tra Chính phủ, Thanh tra tỉnh và một số cơ quan đặc thù. Cơ quan thuế nay chỉ thực hiện kiểm tra thuế; hoạt động mà trước đây gọi là thanh tra do ngành thuế tiến hành không còn nữa. Luật Quản lý thuế 108/2025 cũng chỉ còn mục kiểm tra thuế tại Điều 22 và Điều 23, không còn chương riêng về thanh tra.

Điều đó có nghĩa thực tế: nếu có đoàn tới doanh nghiệp và giới thiệu là đi thanh tra về thuế, anh chị có quyền hỏi rõ căn cứ và cơ quan ra quyết định.

Thay đổi thứ hai là về thời hạn, và đây là chỗ hầu hết bài viết trên mạng còn ghi sai. Điều 22 Luật Quản lý thuế 108/2025 quy định thời hạn kiểm tra thuế không quá 20 ngày kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra, trường hợp cần thiết có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 20 ngày.

Thời gian tạm dừng không tính vào thời hạn. Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế thường không quá 01 lần một năm.

Con số “10 ngày làm việc, gia hạn 10 ngày làm việc” mà anh chị hay đọc được là quy định tại Điều 110 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, đã hết hiệu lực từ 30/6/2026. Nhiều trang vẫn giữ nguyên con số cũ. Nếu anh chị đang lập kế hoạch chuẩn bị hồ sơ theo mốc 10 ngày thì đang tính thiếu một nửa thời gian mình có.

Quyền của doanh nghiệp khi bị kiểm tra

Đây là phần ít được viết nhất, và cũng là phần có ích nhất trong tuần đầu tiên. Điều 37 khoản 1 điểm r Luật Quản lý thuế 108/2025 quy định rõ quyền của người nộp thuế khi cơ quan quản lý thuế kiểm tra thuế.

Quyền thứ nhất: từ chối việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế khi không có quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế của cơ quan có thẩm quyền. Không có quyết định thì không có nghĩa vụ mở cửa cho một cuộc kiểm tra tại chỗ.

Quyền thứ hai: từ chối việc kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế nếu không có thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung tài liệu. Cuộc gọi mời lên làm việc mà không kèm thông báo bằng văn bản thì chưa phải là căn cứ bắt buộc.

Quyền thứ ba: từ chối cung cấp thông tin, tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra hoặc thuộc bí mật nhà nước. Đây là quyền hay bị bỏ quên nhất. Phạm vi ghi trong quyết định là hàng rào; yêu cầu vượt ra ngoài hàng rào đó thì doanh nghiệp được nói không, và nên nói không bằng văn bản chứ không nói miệng.

Quyền thứ tư: được giải trình và bảo lưu ý kiến. Nếu doanh nghiệp không đồng ý với một nội dung trong biên bản, việc cần làm không phải là từ chối ký, mà là ghi rõ ý kiến bảo lưu vào biên bản rồi ký.

Quyền thứ năm: khiếu nại, khởi kiện và yêu cầu bồi thường thiệt hại theo quy định của pháp luật. Kết luận kiểm tra không phải là chốt cuối cùng không thể phản đối.

Nghĩa vụ, và hậu quả khi không chấp hành

Quyền đi kèm nghĩa vụ, và nghĩa vụ ở đây được viết ngắn nhưng nặng.

Điều 22 khoản 4 Luật Quản lý thuế 108/2025 quy định người nộp thuế phải chấp hành quyết định kiểm tra thuế và cung cấp tài liệu theo yêu cầu trong phạm vi kiểm tra. Không chấp hành thì cơ quan thuế thực hiện ấn định thuế.

Ấn định thuế là hướng xấu nhất trong các hướng, vì lúc đó số thuế không còn được tính theo sổ sách của doanh nghiệp mà theo cơ sở cơ quan thuế xác định. Doanh nghiệp mất luôn khả năng chứng minh cho những khoản chi thật mà mình có chứng từ.

Thêm một hệ quả nữa: theo Điều 48 Luật Quản lý thuế 108/2025, việc không chấp hành quyết định kiểm tra sau khi đã bị xử phạt là một trong các trường hợp bị cưỡng chế thi hành quyết định hành chính về quản lý thuế.

Nói cách khác, việc từ chối phải đúng chỗ: từ chối yêu cầu ngoài phạm vi thì có căn cứ, còn từ chối cả cuộc kiểm tra có quyết định hợp lệ thì tự đẩy mình sang nhóm nặng hơn.

Việc nên làm theo thứ tự trong những ngày đầu

Thứ tự sau đây bám vào cái đang có trong tay anh chị: tờ quyết định.

Bước một, đọc kỹ quyết định và ghi ra ba thứ: nội dung kiểm tra, phạm vi kiểm tra, và các kỳ tính thuế bị kiểm tra. Ba dòng này quyết định toàn bộ khối lượng công việc phía sau. Kiểm tra một sắc thuế trong hai kỳ khác hẳn kiểm tra toàn diện năm năm.

Bước hai, tập hợp hồ sơ đúng phạm vi đó, không nhiều hơn. Đây là lỗi phổ biến nhất: doanh nghiệp mang ra tất cả những gì mình có cho chắc, và mở thêm những chỗ đoàn kiểm tra không hỏi tới. Hồ sơ ngoài phạm vi thì để nguyên chỗ của nó.

Bước ba, tự rà trước những nhóm lỗi hay bị bắt trong đúng các kỳ đó. Điều 9 khoản 2 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 liệt kê các khoản chi không được trừ, và bốn nhóm sau chiếm phần lớn số lần bị loại chi phí: chi không đủ hóa đơn chứng từ; thanh toán bằng tiền mặt từ 05 triệu đồng trở lên cho một lần mua theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP; tiền lương, tiền công không chi trả thực tế; và chi không tương ứng với doanh thu tính thuế. Biết trước mình yếu ở đâu thì chuẩn bị được lời giải trình, thay vì trả lời ứng biến tại chỗ.

Bước bốn, chọn người trả lời. Nên là một người duy nhất chịu trách nhiệm tiếp và trả lời, có người thứ hai ghi chép. Nhiều người cùng trả lời một câu hỏi theo nhiều cách là nguồn gốc của phần lớn rắc rối không đáng có.

Bước năm, ghi biên bản làm việc cho từng buổi, kể cả những buổi trao đổi ngắn. Ghi lại tài liệu nào đã giao, ngày nào, ai nhận. Đến lúc lập biên bản kiểm tra, tập ghi chép này là căn cứ để đối chiếu.

Về thời hạn gửi và công bố quyết định kiểm tra theo luật mới, cần lưu ý một điểm: khung pháp lý hiện hành không còn ấn định con số này ở cấp luật. Điều 22 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 chỉ đặt thời hạn kiểm tra: không quá 20 ngày kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra, cần thiết thì gia hạn 01 lần không quá 20 ngày; với doanh nghiệp có giao dịch liên kết là 40 ngày và gia hạn 01 lần không quá 40 ngày; trường hợp phải trao đổi thông tin với cơ quan thuế nước ngoài thì có thể kéo dài nhưng không quá 02 năm. Thời hạn này không tính thời gian tạm dừng kiểm tra. Mốc “gửi quyết định trong 03 ngày làm việc, công bố trong 10 ngày làm việc” mà nhiều bài còn ghi là mốc tại khoản 3 Điều 110 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, văn bản đã hết hiệu lực từ 30/6/2026, nên không dùng làm căn cứ. Anh chị cần con số hiện hành thì đối chiếu trực tiếp Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Quyết định 1161/QĐ-CT ngày 14/8/2026 về Quy trình kiểm tra thuế, hoặc hỏi cơ quan thuế quản lý. Quy định cũ tại Điều 110 Luật Quản lý thuế số 38/2019, nay đã hết hiệu lực, đặt mốc gửi quyết định cho người nộp thuế trong 03 ngày làm việc và công bố trong 10 ngày làm việc kể từ ngày ký. Anh chị có thể dùng mốc cũ để hình dung nhịp thời gian, nhưng đừng dùng nó để lập luận với cơ quan thuế.

Nếu anh chị muốn có người rà cùng ngay trong tuần đầu, chi phí cho một đợt rà soát và chuẩn bị hồ sơ theo phạm vi quyết định thường nằm trong, tùy số kỳ và tình trạng chứng từ.

Kiểm tra lại là gì?

Nhiều anh chị nghĩ kiểm tra xong là hết chuyện với kỳ đó. Gần đúng, nhưng có ngoại lệ.

Điều 22 khoản 6 Luật Quản lý thuế 108/2025 quy định các trường hợp kiểm tra lại, thẩm quyền quyết định kiểm tra lại, và thời hiệu 2 năm. Nghĩa là một kỳ đã kiểm tra vẫn có thể được mở lại trong thời hiệu đó nếu thuộc trường hợp luật định.

Điều này ảnh hưởng tới một quyết định thực tế: hồ sơ và biên bản của đợt kiểm tra hiện tại nên được lưu đầy đủ, có hệ thống, chứ không cất đại sau khi có kết luận. Nếu có kiểm tra lại, bộ hồ sơ đó là thứ giúp doanh nghiệp không phải dựng lại từ đầu.

Khi nào KHÔNG nên tự làm một mình?

Có những đợt kiểm tra mà kế toán nội bộ xử lý được, và có những đợt thì không. Ba dấu hiệu sau cho thấy nên có người ngoài vào cùng.

Thứ nhất, khi kỳ kiểm tra kéo dài nhiều năm. Khối lượng chứng từ tăng theo số kỳ, còn thời hạn thì vẫn là 20 ngày kể từ ngày công bố quyết định, gia hạn thêm 20 ngày. Kế toán đang làm công việc hằng ngày rất khó vừa chạy kỳ hiện tại vừa dựng lại năm kỳ cũ trong khoảng đó.

Thứ hai, khi kế toán phụ trách các kỳ bị kiểm tra đã nghỉ. Người đang làm không có ký ức về những bút toán cũ và không giải thích được vì sao khoản chi này được hạch toán như vậy. Trả lời sai một câu về kỳ mình không làm còn tệ hơn nói rằng cần thời gian tra lại.

Thứ ba, khi có kỳ quá hạn nộp hồ sơ khai thuế trên 90 ngày và có phát sinh số thuế phải nộp chưa nộp. Điều 17 khoản 1 điểm a Nghị định 125/2020/NĐ-CP xếp trường hợp này vào nhóm hành vi trốn thuế với mức phạt từ 1 lần đến 3 lần số thuế trốn. Ranh giới giữa nhóm này và khung phạt hành chính tại Điều 13 nằm ở việc doanh nghiệp đã nộp đủ thuế và tiền chậm nộp trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra hay chưa. Đây là phần cần tính đúng, không nên đoán.

Ngược lại, nếu quyết định chỉ giới hạn ở một sắc thuế trong một hoặc hai kỳ, sổ sách liên tục và kế toán phụ trách vẫn đang làm, thì doanh nghiệp tự chuẩn bị được. Thuê thêm người trong trường hợp đó là tốn tiền không cần thiết.

Câu hỏi thường gặp

Gọi trước khi trả lời câu hỏi đầu tiên

Ngày quan trọng nhất của một đợt kiểm tra không phải ngày cuối, mà là mấy ngày trước khi công bố quyết định. Đó là khoảng thời gian còn tự khắc phục được, còn kịp tính đúng số thuế phải nộp bổ sung, và còn chọn được cách trình bày hồ sơ.

Anh chị gửi qua trang liên hệ trên website, kèm ảnh chụp quyết định kiểm tra qua Zalo cùng số. Pháp Tín đọc phạm vi và kỳ kiểm tra, nói rõ doanh nghiệp cần chuẩn bị những gì và những gì nằm ngoài phạm vi, rồi báo lại kế hoạch làm việc cho từng ngày. Chi phí cho một đợt rà soát và chuẩn bị hồ sơ theo quyết định kiểm tra nằm trong, chốt sau khi biết số kỳ và tình trạng chứng từ.