Cơ quan thuế xuống kiểm tra: trình tự, quyền của doanh nghiệp và việc cần chuẩn bị

Anh chị vừa nhận một văn bản từ cơ quan thuế và câu hỏi đầu tiên thường không phải về pháp luật mà về thời gian: còn bao nhiêu ngày, phải giao những gì, và ai làm cùng.

Bài này viết theo đúng thứ tự đó. Trước hết là trình tự và các mốc thời gian theo luật đang có hiệu lực, sau đó là quyền của doanh nghiệp, cuối cùng là việc cần chuẩn bị.

Hai hình thức kiểm tra và nguyên tắc áp dụng

Từ 01/7/2025, hệ thống cơ quan thanh tra được sắp xếp lại theo Luật Thanh tra số 84/2025/QH15: không còn cơ quan thanh tra ở cấp bộ, tổng cục, cục và không còn thanh tra chuyên ngành. Ngành thuế từ mốc đó chỉ thực hiện kiểm tra thuế. Khi anh chị đọc các bài cũ nhắc tới hoạt động mà trước đây ngành thuế gọi là thanh tra, cần hiểu đó là khái niệm của giai đoạn trước.

Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, hiệu lực từ 01/7/2026, quy định kiểm tra thuế tại Điều 22 với hai hình thức: kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế trên hồ sơ và dữ liệu điện tử, và kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.

Điều 22 khoản 1 nêu các nguyên tắc, và bốn nguyên tắc dưới đây đáng biết vì chúng dùng được khi làm việc với đoàn kiểm tra.

Nguyên tắc thứ tư là nguyên tắc anh chị nên ghi nhớ. Nếu một nội dung đã được kiểm tra trong cùng kỳ, việc trùng lặp về nội dung, phạm vi và thời gian là điều luật yêu cầu tránh, và đó là căn cứ để nêu ý kiến bằng văn bản.

Trường hợp nào dẫn tới kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp

Điều 22 khoản 3 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 nêu các trường hợp kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế: hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế; kiểm tra sau hoàn thuế; có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế; lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề; theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền; người nộp thuế rủi ro cao khi chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, giải thể, phá sản, cổ phần hóa; theo yêu cầu giải quyết khiếu nại; hồ sơ miễn, giảm, không thu thuế.

Một thay đổi đáng biết: từ 01/7/2026, việc chuyển địa điểm kinh doanh không còn là trường hợp phải kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.

Việc lựa chọn theo kế hoạch và chuyên đề dựa trên phân loại rủi ro. Thông tư 94/2026/TT-BTC, hiệu lực 01/7/2026 thay Thông tư 31/2021, quy định về quản lý tuân thủ và quản lý rủi ro trong quản lý thuế, phân loại người nộp thuế thành 4 mức: tuân thủ tốt, trung bình, thấp, không tuân thủ. Nhóm tiêu chí tại Phụ lục I gồm nộp thuế đúng hạn, kê khai đầy đủ, vi phạm pháp luật, sử dụng hóa đơn, hoàn thuế, thay đổi thông tin đăng ký và nợ thuế. Người nộp thuế tuân thủ tốt có cơ chế ưu tiên.

Bộ chỉ số rủi ro về hóa đơn ban hành kèm Quyết định 78/QĐ-TCT năm 2023 nêu cụ thể hơn một số dấu hiệu, trong đó có chậm nộp hồ sơ khai thuế quá 30 ngày, tỉ lệ hóa đơn hủy và hóa đơn điều chỉnh thay thế cao, và bị xử phạt nhiều lần trong năm.

Thời hạn: 20 ngày, và mốc mà nhiều bài trên mạng vẫn ghi sai

Đây là chỗ anh chị nên kiểm lại mọi thông tin mình vừa đọc ở nơi khác.

Thời hạn kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 là không quá 20 ngày kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra. Trường hợp cần thiết có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 20 ngày.

Thời gian tạm dừng không tính vào thời hạn kiểm tra. Kiểm tra thường không quá 01 lần mỗi năm.

Mốc mà rất nhiều bài trên mạng còn ghi là 10 ngày làm việc, có thể gia hạn 01 lần không quá 10 ngày làm việc. Đó là mốc tại Điều 110 khoản 4 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, và luật đó đã hết hiệu lực từ 30/6/2026. Cùng điều đó còn quy định quyết định kiểm tra phải được gửi cho người nộp thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc và công bố trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày ký. Anh chị đừng lập kế hoạch theo các mốc này nữa.

Thời hạn gửi và công bố quyết định kiểm tra theo khung pháp lý hiện hành là phần khung pháp lý hiện hành không còn ấn định con số này ở cấp luật. Điều 22 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 chỉ đặt thời hạn kiểm tra: không quá 20 ngày kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra, cần thiết thì gia hạn 01 lần không quá 20 ngày; với doanh nghiệp có giao dịch liên kết là 40 ngày và gia hạn 01 lần không quá 40 ngày; trường hợp phải trao đổi thông tin với cơ quan thuế nước ngoài thì có thể kéo dài nhưng không quá 02 năm. Thời hạn này không tính thời gian tạm dừng kiểm tra. Mốc “gửi quyết định trong 03 ngày làm việc, công bố trong 10 ngày làm việc” mà nhiều bài còn ghi là mốc tại khoản 3 Điều 110 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, văn bản đã hết hiệu lực từ 30/6/2026, nên không dùng làm căn cứ. Anh chị cần con số hiện hành thì đối chiếu trực tiếp Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Quyết định 1161/QĐ-CT ngày 14/8/2026 về Quy trình kiểm tra thuế, hoặc hỏi cơ quan thuế quản lý. Điều 22 Luật 108/2025 không nêu số ngày này, và đây là con số cần đối chiếu trực tiếp văn bản trước khi dùng cho hồ sơ thật.

Quyền của doanh nghiệp khi bị kiểm tra

Phần này viết theo Điều 37 khoản 1 điểm r Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, và là phần đáng đọc kỹ nhất trong tuần đầu.

Hai quyền đầu là hai quyền về giấy tờ, và cách dùng chúng rất đơn giản: đề nghị xem quyết định hoặc thông báo trước khi bắt đầu, và ghi lại thời điểm nhận. Không có văn bản thì chưa có nghĩa vụ mở hồ sơ.

Quyền thứ ba có giới hạn thực tế. Việc từ chối chỉ áp dụng với thông tin không liên quan đến nội dung kiểm tra, nên phạm vi ghi trong quyết định chính là thước đo. Đây là lý do nên đọc kỹ phần phạm vi và kỳ kiểm tra ngay từ đầu.

Đi kèm quyền là nghĩa vụ, và nghĩa vụ này có hậu quả rõ ràng. Điều 22 khoản 4 Luật 108/2025 quy định nghĩa vụ chấp hành quyết định kiểm tra và cung cấp tài liệu. Không chấp hành thì bị ấn định thuế. Vì vậy quyền từ chối không phải công cụ trì hoãn, mà là công cụ giữ đúng phạm vi.

Anh chị đang trong tuần đầu sau khi nhận văn bản thì gửi thông tin qua trang liên hệ trên website. Pháp Tín đọc quyết định, xác định phạm vi và kỳ kiểm tra, lập danh mục hồ sơ phải giao, rồi báo phạm vi công việc kèm. Tiền thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt luôn tách riêng khỏi phí dịch vụ.

Việc cần chuẩn bị, theo thứ tự

Thứ tự dưới đây quan trọng hơn nội dung từng việc, vì thời hạn 20 ngày chạy từ ngày công bố quyết định.

Về nhóm hồ sơ hay được yêu cầu, bốn nhóm dưới đây thường chiếm phần lớn khối lượng, và cũng là bốn nhóm hay bị loại chi phí. Điều 9 khoản 1 điểm c Nghị định 320/2025/NĐ-CP quy định khoản chi có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ và các khoản thanh toán khác từng lần có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên, kèm quy tắc gộp nhiều lần trong ngày với cùng một người bán. Điều 9 khoản 2 điểm h Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 xếp tiền lương, tiền công không chi trả thực tế vào nhóm khoản chi không được trừ.

Còn một điều nên biết về sau khi kết thúc. Điều 22 khoản 6 Luật 108/2025 quy định các trường hợp kiểm tra lại, thẩm quyền và thời hiệu 2 năm. Nghĩa là bộ hồ sơ tạo ra trong đợt kiểm tra không phải thứ để cất đi, và phần bảo lưu ý kiến giữ nguyên giá trị trong khoảng thời gian đó.

Khi nào KHÔNG nên tự làm việc với đoàn kiểm tra mà không ai đọc hồ sơ trước?

Có bốn tình huống mà tự làm một mình thường dẫn tới kết quả xấu hơn, và Pháp Tín nói rõ cả tình huống ngược lại.

Thứ nhất, khi phạm vi kiểm tra gồm nhiều kỳ mà sổ sách các kỳ đó do những người khác nhau làm. Trong tình huống này rủi ro lớn nhất không phải số thuế mà là giải trình lệch nhau giữa các kỳ.

Thứ hai, khi doanh nghiệp có giao dịch với bên liên kết. Thời hạn cho trường hợp này là 40 ngày và gia hạn 40 ngày, phạm vi hồ sơ rộng hơn, và phần phụ lục về giao dịch liên kết có mức phạt riêng tại Điều 13 khoản 4 điểm d Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

Thứ ba, khi đang trong quá trình giải thể hoặc chuyển nhượng. Điều 22 khoản 3 Luật 108/2025 xếp người nộp thuế rủi ro cao khi giải thể, phá sản vào các trường hợp kiểm tra tại trụ sở, nên hai bộ hồ sơ chạy song song và thứ tự việc bị chi phối lẫn nhau.

Thứ tư, khi có nội dung đã được kiểm tra trong cùng kỳ. Nguyên tắc không trùng lặp về nội dung, phạm vi, thời gian tại Điều 22 khoản 1 là căn cứ cần nêu bằng văn bản đúng lúc, không phải nêu sau khi đã ký biên bản.

Ngược lại, có tình huống không cần thuê ai: khi phạm vi kiểm tra chỉ gồm một kỳ, sổ sách kỳ đó đầy đủ, chứng từ khớp với số đã khai, và danh mục tài liệu được yêu cầu ngắn. Lúc đó việc cần làm là giao hồ sơ theo danh mục và giữ biên bản giao nhận.

Câu hỏi thường gặp

Gọi trước khi giao hồ sơ đầu tiên

Việc quyết định phần lớn kết quả không phải việc giải trình, mà là việc đọc đúng phạm vi và kỳ kiểm tra rồi giao hồ sơ theo danh mục có biên bản. Việc này làm được trong vài ngày đầu, và làm sai thì các tuần sau mất công gấp nhiều lần.

Anh chị gửi thông tin qua trang liên hệ trên website. Pháp Tín đọc quyết định trước, xác định phạm vi, các kỳ thuộc phạm vi và danh mục tài liệu phải giao, rồi báo phạm vi công việc kèm, với tiền thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt tính riêng.

Nếu phạm vi kiểm tra hẹp và hồ sơ của kỳ đó đã đủ, Pháp Tín nói đúng như vậy và chỉ nhận phần rà danh mục trước khi giao.