Kiểm tra sức khỏe kế toán và thuế: doanh nghiệp đang sai ở đâu và phải xử lý cái gì trước

Anh chị thường tìm tới việc rà soát vì một trong hai lý do. Một là nghe tin doanh nghiệp cùng ngành bị kiểm tra và tự hỏi hồ sơ của mình có chịu được không. Hai là kế toán cũ nghỉ, người mới nhận bàn giao và bắt đầu thấy những chỗ khó hiểu trong sổ. Cả hai đều dẫn tới cùng một câu hỏi: bắt đầu từ đâu.

Cơ quan thuế nhìn vào gì?

Cơ quan thuế không mở từng doanh nghiệp ra đọc. Việc chọn dựa trên nguyên tắc quản lý rủi ro: hệ thống chấm điểm trên dữ liệu sẵn có, xếp doanh nghiệp thành các nhóm, rồi nhóm nào điểm rủi ro cao mới được đưa vào diện xem kỹ. Biết bộ chỉ số đó gồm gì thì tự chấm được cho mình.

Thông tư 94/2026/TT-BTC, có hiệu lực từ 01/7/2026 thay Thông tư 31/2021/TT-BTC, quy định việc quản lý tuân thủ và quản lý rủi ro trong quản lý thuế. Doanh nghiệp được phân thành bốn mức tuân thủ: tuân thủ tốt, tuân thủ trung bình, tuân thủ thấp và không tuân thủ. Tiêu chí phân loại tại Phụ lục I gồm bảy nhóm: nộp thuế đúng hạn, kê khai đầy đủ, vi phạm pháp luật, sử dụng hóa đơn, hoàn thuế, thay đổi thông tin đăng ký và nợ thuế.

Chi tiết hơn nữa nằm ở bộ chỉ số rủi ro về hóa đơn ban hành kèm Quyết định 78/QĐ-TCT ngày 02/02/2023, ban hành thời Tổng cục Thuế. Bộ chỉ số này chia hai nhóm dấu hiệu. Nhóm I chỉ cần một dấu hiệu là doanh nghiệp bị chuyển sang dùng hóa đơn có mã của cơ quan thuế.

Nhóm I gồm: vốn chủ sở hữu dưới 15 tỷ đồng và không có cơ sở vật chất; thay đổi người đại diện đồng thời chuyển địa điểm; người đại diện bị khởi tố về trốn thuế hoặc mua bán hóa đơn; người đại diện đồng thời là đại diện của doanh nghiệp không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký; khôi phục mã số thuế sau thông báo không hoạt động; tạm ngừng rồi hoạt động lại kèm thay đổi người đại diện hoặc trụ sở; chậm nộp hồ sơ khai thuế quá 30 ngày; vốn dưới 15 tỷ nhưng doanh thu trên 10 tỷ và tỷ lệ thuế giá trị gia tăng phải nộp trên doanh thu dưới 1%; doanh thu bán cho bên liên kết trên 50%; giao dịch đáng ngờ theo cảnh báo của Ngân hàng Nhà nước.

Nhóm II không loại ngay mà chấm điểm, gồm: tỷ lệ tài sản cố định trên vốn thấp; doanh thu tăng đột biến; tỷ lệ hóa đơn hủy hoặc hóa đơn điều chỉnh, thay thế cao; tỷ lệ thuế giá trị gia tăng trên doanh thu thấp; bị xử phạt nhiều lần trong năm; thành lập nhiều năm không có doanh thu rồi chuyển nhượng.

Đọc lại danh sách trên, anh chị sẽ thấy phần lớn dấu hiệu không phải là gian lận. Chúng là những thứ xảy ra tự nhiên với một doanh nghiệp nhỏ đang xoay xở. Quyết định 78/QĐ-TCT ngày 02/02/2023 về bộ chỉ số tiêu chí đánh giá người nộp thuế có dấu hiệu rủi ro trong quản lý và sử dụng hóa đơn chưa tìm thấy văn bản nào thay thế. Nhưng căn cứ ban hành của nó là Thông tư 31/2021/TT-BTC, nay đã được thay bằng Thông tư 94/2026/TT-BTC về quản lý tuân thủ và quản lý rủi ro trong quản lý thuế, hiệu lực 01/7/2026, đồng thời Tổng cục Thuế đã được tổ chức lại thành Cục Thuế. Vì vậy nên đối chiếu trực tiếp với cơ quan thuế quản lý trước khi áp bộ chỉ số này cho một hồ sơ cụ thể.

Sáu nhóm lỗi hay gặp, xếp theo mức nặng

Khi rà một bộ hồ sơ, phần lớn vấn đề rơi vào các khoản chi không được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp. Điều 9 khoản 2 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 liệt kê các khoản này. Sáu nhóm sau chiếm gần hết số lần bị loại chi phí trong thực tế.

Nhóm thứ nhất là chi không có hóa đơn, chứng từ hợp pháp. Điểm a loại các khoản chi không đáp ứng đủ điều kiện tại khoản 1, mà khoản 1 đòi khoản chi phải thực tế phát sinh, liên quan tới hoạt động sản xuất kinh doanh, và có đủ hóa đơn, chứng từ.

Nhóm thứ hai là thanh toán bằng tiền mặt từ 5 triệu đồng trở lên. Đây là chỗ cần đọc kỹ, vì phần lớn bài viết trên mạng vẫn ghi ngưỡng cũ. Nghị định 320/2025/NĐ-CP, Điều 9 khoản 1 điểm c, quy định khoản chi phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với trường hợp mua hàng hóa, dịch vụ và các khoản thanh toán khác từng lần có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên. Nghị định ban hành và có hiệu lực 15/12/2025, áp dụng từ kỳ tính thuế 2025, và có quy tắc gộp nhiều lần thanh toán trong ngày cho cùng một người bán, nên chia nhỏ hóa đơn không giải quyết được gì.

Nhóm thứ ba là tiền phạt vi phạm hành chính, bị loại thẳng tại điểm b. Tiền phạt chậm nộp tờ khai, phạt về hóa đơn, phạt giao thông của xe công ty đều nằm trong đó.

Nhóm thứ tư là tiền lương, tiền công không chi trả thực tế. Điểm h loại tiền lương của chủ doanh nghiệp tư nhân, thù lao sáng lập viên không tham gia điều hành, và tiền lương, tiền công không chi trả thực tế. Đây là nhóm hay bị bắt nhất khi bảng lương có tên mà không có chứng từ chi.

Nhóm thứ năm là khấu hao vượt mức: điểm e loại khoản trích khấu hao tài sản cố định không đúng hoặc vượt mức quy định của pháp luật.

Nhóm thứ sáu là chi không tương ứng với doanh thu tính thuế, tại điểm m. Nhóm này rộng và hay gây tranh luận nhất, vì nó phụ thuộc vào việc doanh nghiệp giải thích được mối liên hệ giữa khoản chi và doanh thu hay không.

Thứ tự xử lý: lỗi nào sửa trước

Nguyên tắc xếp thứ tự chỉ có một câu: sửa trước những lỗi mà việc tự khắc phục còn rẻ hơn nhiều so với để bị phát hiện. Hai điều luật quyết định câu này.

Thứ nhất là thời hiệu xử phạt. Điều 8 Nghị định 125/2020/NĐ-CP quy định thời hiệu xử phạt với hành vi vi phạm thủ tục thuế là 02 năm kể từ ngày thực hiện hành vi, còn với hành vi khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp và hành vi trốn thuế chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự là 05 năm. Lỗi càng gần mốc hết thời hiệu thì càng ít gấp; lỗi mới phát sinh thì ngược lại.

Thứ hai, và quan trọng hơn nhiều, là ranh giới giữa bị phạt hành chính và bị quy vào trốn thuế. Điều 13 khoản 5 Nghị định 125/2020 quy định khung phạt 15 đến 25 triệu đồng với hành vi nộp hồ sơ khai thuế quá hạn trên 90 ngày, có phát sinh số thuế phải nộp, và người nộp thuế đã nộp đủ số tiền thuế, tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra hoặc lập biên bản về hành vi chậm nộp. Đây là mức áp dụng cho tổ chức; cá nhân và hộ kinh doanh bằng một nửa.

Nếu chưa nộp đủ thuế và tiền chậm nộp trước thời điểm đó, hành vi không còn nằm ở Điều 13 nữa. Điều 17 khoản 1 điểm a Nghị định 125/2020 xếp việc không nộp hồ sơ khai thuế hoặc nộp sau 90 ngày kể từ ngày hết thời hạn vào nhóm hành vi trốn thuế, mức phạt từ 1 lần đến 3 lần số thuế trốn.

Chênh lệch giữa hai hướng rất lớn. Với một khoản thuế 200 triệu chưa kê khai: nếu tự nộp đủ cả thuế và tiền chậm nộp trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, phần phạt nằm trong khung 15 đến 25 triệu. Nếu để cơ quan thuế phát hiện, cùng khoản đó rơi vào khung 1 tới 3 lần số thuế trốn, chưa kể vẫn phải nộp thuế và tiền chậm nộp 0,03% mỗi ngày theo Điều 16 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15.

Thứ tự thực hành thường là: nộp bù các tờ khai còn thiếu trước, vì mỗi kỳ thiếu là một khoản phạt riêng; rồi xác định số thuế phải nộp bổ sung và nộp kèm tiền chậm nộp, vì đây là bước quyết định doanh nghiệp nằm ở Điều 13 hay Điều 17; sau đó mới chỉnh lại chứng từ và cách hạch toán cho các kỳ về sau.

Rà soát khác gì làm lại sổ sách

Hai việc này hay bị gộp làm một khi báo giá, nên anh chị dễ trả tiền cho việc mình chưa cần.

Rà soát là chẩn đoán. Người rà đọc tờ khai, sổ, chứng từ và dữ liệu hóa đơn, rồi trả về một danh sách: kỳ nào thiếu, khoản chi nào có nguy cơ bị loại và vì điểm nào của Điều 9 khoản 2, số thuế ước tính phải nộp bổ sung, thứ tự xử lý. Kết quả của rà soát là một bản đồ, không phải một bộ sổ mới.

Làm lại sổ sách là chữa. Đó là dựng lại chứng từ, hạch toán lại, lập lại báo cáo tài chính và tờ khai cho các kỳ đã hỏng. Việc này tốn thời gian gấp nhiều lần và chỉ nên làm sau khi đã biết phải làm cho những kỳ nào. Doanh nghiệp có sổ sách nhiều năm bỏ trống hoặc mất dữ liệu thì thuộc hạng mục “Làm lại, phục hồi sổ sách nhiều năm”, và bước rà soát chính là bước xác định phạm vi cho hạng mục đó.

Một trường hợp thường gặp: doanh nghiệp hỏi giá làm lại sổ ba năm, sau khi rà thì chỉ có bốn quý thực sự cần làm lại, phần còn lại chỉ cần nộp bù tờ khai và điều chỉnh vài khoản chi. Rà trước tiết kiệm được đúng phần chênh lệch đó.

Khi nào KHÔNG nên bỏ tiền rà soát?

Pháp Tín thấy có ba tình huống mà việc thuê rà soát chưa mang lại gì đáng kể.

Thứ nhất, doanh nghiệp mới thành lập dưới một năm và số giao dịch còn ít. Khối lượng chứng từ chưa đủ để có lỗi tích tụ, và kế toán đang làm có thể tự đối chiếu trong một buổi. Việc nên làm ở giai đoạn này là dựng đúng quy trình chứng từ ngay từ đầu, rẻ hơn rà lại về sau rất nhiều.

Thứ hai, kế toán đang làm ổn định, chưa đứt quãng lần nào và có bàn giao đầy đủ giữa các kỳ. Khi hồ sơ liên tục và có người chịu trách nhiệm rõ ràng cho từng năm, phần lớn lỗi nếu có sẽ ở mức nhỏ và tự phát hiện được trong kỳ quyết toán.

Thứ ba, doanh nghiệp vừa qua một đợt kiểm tra thuế và đã xử lý xong kết luận. Kỳ đã kiểm tra thường không phải rà lại, trừ khi thuộc các trường hợp kiểm tra lại theo Điều 22 khoản 6 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15.

Ngược lại, có một tình huống mà rà soát gần như luôn đáng làm: khi doanh nghiệp đang tính tới việc giải thể. Doanh nghiệp rủi ro cao khi giải thể nằm trong các trường hợp kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo Điều 22 khoản 3 Luật Quản lý thuế 108/2025. Rà trước khi nộp hồ sơ đóng rẻ hơn rà giữa lúc đang bị kiểm tra.

Câu hỏi thường gặp

Muốn biết hồ sơ của mình đang ở mức nào?

Việc đầu tiên không phải là ký hợp đồng làm lại sổ. Việc đầu tiên là biết hồ sơ đang thiếu gì và lỗi nào còn tự khắc phục được với chi phí thấp.

Anh chị gửi hiện trạng qua trang liên hệ trên website: mã số thuế, số năm hoạt động, tình trạng kế toán hiện tại và những kỳ anh chị nghi là có vấn đề. Pháp Tín rà trên dữ liệu công khai, đối chiếu với danh sách dấu hiệu ở trên, và báo lại mức rủi ro cùng thứ tự xử lý trong một ngày làm việc. Bước này không tính phí và chưa cần gửi chứng từ.